През 1940г някои йезуити, водени от Фр.Анжел Карийо Де Алборноз, който по-късно напуска Society of Jesus, осъждат доктрината на Опус Дей и я наричат „новата ерес”.Това не е общоприето, казват те, да проповядваш, че миряните могат да бъдат святи, без да положат публична клетва и без да носят характерните дрехи.
Когато Eскрива започва да разпространява посланието на Опус Дей, че всеки е възможно да стане светец и, че обикновенният живот е път към светостта, той се изправя пред предизвикателства,неразбиране и полемики.
Според сведения, идващи от Испания, Върховният Водач на „Обществото на Исус” Fr. Wlodimir Ledochowski (1866–1942), заявява на Ватикана, че той смята Опус Дей за „много опасна за църквата в Испания”.Той казва,че култът има „скрито естество” и вижда „знаци за тайни наклонности,които доминират в света под формата на Христианско Масонство”.Тези изявления против Опус Дей от вътрешни, влиятелни кръгове (Ескрива ги нарича „опозиция от добри хора”), които се появяват отново и отново в историята, се считат за корените на деншните обвинения, идващи от различни посоки.Това е заключението, до което много писатели достигат,включително и Джон Л. Алън младши-работещ за CNN анализатор на Ватикана.
Според John Allen един от най-ранните източниците на критика към Опус Дей са някои членове на Society of Jesus, които не могат да разберат голямата разлика между Опус Дей и религиозните ордени.Опус Дей е била съставена от обикновени християни, които вярват, че с покръстването поемат по пътя към святост, така както са правели първите християни, без да се прави някакво външно разграничаване от другите граждани на Римската Империя,обяснява Ескрива.
Алборноз е бил първият, който организирал кампания срещу Опус Дей, и който по-късно напуска Society of Jesus.През 1941г той казва, че Опус Дей е новата църковна ерес за проповядване, която прави обикновенните християни светци, без да има нужда да носят специални одежди и да живеят в манастир.Това изказване достига до Ватикана чрез Superior-General of the Jesuits, Fr. Vladimir Ledochowski, който бе казал, че Опус Дей има „потайна, скрита природа”, че е „опасна за църквата в Испания” и че Опус Дей има за цел постигането на световно господство чрез методите на християнското масонство.
Като изключим кампанията през 40-те години на XX век е имало и други атаки от йезуити през 50-те, които са имали за цел да кажат на някои членове на Опус Дей в Италия, че техните синове ще бъдат прокълнати.Друг противник на Опус Дей е Майкъл Уолш.Според Aлън атаките на йезуитите, които са уважавана група в Църквата, са в основата на много от днешните атаки срещу Опус Дей.
Според Mесори, йезуитите и някои бюрократически кръгове, са създателите на „мита” и „черната легенда”, че Опус Дей е подкрепял фашизма.Оттогава насам Опус Дей се свързва с ултра десните режими.
Голямо обществено внимание е насочено към Опус Дей, когато те насърчават практикуването на усмиряване, потъпкване на плътските желания-доброволно нанасяне на болка или неудобство.Потъпкването на плътските желания има дълга история в много световни религии, включително и в Католическата църква, но приложението става необичайно рядко явление сред съвременните християни.
Членове на Опус Дей поддържат идеята, че усмиряването на плътските желания им напомня за страданията на Исус на кръста и има положителни психологически и духовни предимства.Поддръжниците на тази практика посочват, че унижението има дълга история в Католическата църква, че много от папите подтвърждават тази практика и тя е използвана и от много светци.Критиците пък сочат това унижение и потъпкване на плътските желания като една от основните тези за тяхната опозиция към Опус Дей.
Опус Дей прилагат няколко форми и видове на унижение.Повечето са действия, които биха причинили неудобство или жертви от рода на взимане на студен душ, спане без възглавница или спане на пода, постене или запазване на мълчание в определени часове от денонощието.Някои от формите са малко по-крайни, например веднъж седмично членовете за кратко се самобичуват с малък въжен камшик, наречен „дисциплина”.
Една от по-дискутираните форми на самонаказание включва употребата на cilice-малка метална верига със сочещи навътре остриета, шипове, която се поставя около горната част на бедрото.Така поставени шиповете причиняват болка и оставят малки белези, но не придизвикват кръвотечение.Членовете на Опус Дей поставят cilice всеки ден за два часа.
„Те са обсебени от cilice”-казва католическия социолог Massimo Introvigne-„сякаш не става въпрос за доброволен избор на свободни възрастни хора, а сякаш са принудени да го правят.”
